Program studi PBA berdiri berdasarkan ijin yang dikeluarkan oleh Dirjen Binbaga Islam nomor: E/218/1999 tanggal 27 Juli 1999. Kemudian diperpanjang dengan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/33/2008 tertanggal 30 januari 2008. Meskipun ijin operasionalnya telah diperoleh pada tahun 1999, tetapi prodi PBA baru menerima mahasiswa baru pada tahun 2000/2001.